在秦始皇坑殺那些儒生的時候，扶蘇提到「天下初定，遠方黔首未集，恐怕亂殺無辜，迫害讀書人，會引起天下的不安定。」而秦始皇怒了，覺得這些羅羅嗦嗦唧唧歪歪的儒生，才是大秦的不安定因素。

因為扶蘇性格的原因，于是把扶蘇送到北方長城蒙恬軍中去，扶蘇到蒙恬的軍部所在地上郡報到，是在前212年左右，他的正式身份是監軍。除了蒙恬，還有王翦的孫子王離，也就是秦始皇其實是把這支軍隊的指揮權交給了扶蘇，蒙恬、王離這兩員虎將作為輔佐。因為在古代，軍隊是帝王的威勢，秦始皇把帝國最強大的部隊之一長城軍團交給扶蘇是對他寄以厚望。

公元前210年，距離韓非入秦恰好24年，秦始皇咽氣后，趙高終于說服李斯，廢黜扶蘇，擁戴胡亥當皇帝。

于是趙高和李斯策劃偽造了一份假圣旨，宣告立胡亥為太子，并譴責扶蘇無德無能，埋怨慈父，大逆不道，這時候其實扶蘇完全不必害怕，因為有蒙恬和秦始皇給的30萬大軍，完全可以掌控局面，但是假圣旨送到上郡，扶蘇和蒙恬接到圣旨，還不知道秦始皇已經駕崩的二人，一時都懵了。那時候還是蒙恬腦子轉得比較快，他對扶蘇說：「皇上把三十萬大軍交給我，又派大公子到這里監軍，這是托付重任的意思。怎麼能因為一個使者，帶著一份不知真偽的文書，就自我了斷呢！」蒙恬建議先查明真相，再作出反應。

前邊我們也提到扶蘇是因為性格原因，秦始皇才派他磨煉的，但是扶蘇只是流著眼淚說：「父親要兒子死，做兒子的還有什麼辦法，何必查證！」拿佩劍一抹脖子，自殺了。

扶蘇一死，蒙恬失去抗爭的王牌，而胡亥、李斯、趙高聽說扶蘇自殺，也如釋重負，因為他們知道擁有兵力的扶蘇如果反抗自己并不占絕對的優勢，想不到手握重兵的扶蘇會如此乖乖地自殺，真令人意外地輕松。

于是開始乘勝追擊，斬殺蒙恬和他的弟弟蒙毅，有人會說秦始皇不喜歡這個兒子，但古代兵權其實是威望，加上秦始皇在病重之際，召喚遠在邊疆的扶蘇到咸陽與自己會合，對隨駕的小兒子卻只字不提，但令秦始皇沒想到的是即便艱苦的邊境鍛煉也不能將他磨礪成剛毅的帝王接班人，也因為一份莫測真偽的圣旨自我放棄。